Au village caché de Konoha, les enfants sont entraînés, dès leur plus jeune âge, afin de devenir des ninjas. Le Hokage, protecteur et chef du village, est reconnu comme étant le ninja le plus puissant.
Il y a de cela douze ans, Kyûbi, un démon ayant la forme d'un renard à neuf queues, entreprit la destruction du village de Konoha, mais le quatrième Hokage neutralisa ce démon en le scellant dans le corps d'un nouveau-né : Naruto Uzumaki. Le quatrième Hokage se sacrifia ainsi pour sauver le village de Konoha.
L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin, éternel cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre le Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclus dans une équipe de trois, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiwa. Peu après, ils rencontrent leur jōnin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.
Suite à quelques missions, Kakashi considère les membres de son équipe prêts à devenir chūnin. Ce niveau, entre celui de genin et celui de jōnin, leur permettra d'accomplir des missions de plus grande importance. Cependant, un criminel exilé du village nommé Orochimaru interrompt l'examen pour détruire Konoha. Son arme principale pour cette opération est un jeune homme, Gaara, qui possède comme Naruto un démon. Naruto, aidé par ses amis, réussira à le vaincre, et le village sera sauvé grâce au sacrifice du troisième Hokage.
L'organisation criminelle Akatsuki profitera du chaos résultant pour s'infiltrer dans le village, et deux de ses membres, Itachi Uchiwa et Kisame Hoshigaki, tenteront de kidnapper Naruto. Sasuke, le frère d'Itachi, essaie sans succès de l'en empêcher. Naruto sera sauvé par Jiraya, et devra en échange l'aider à retrouver la seule personne pouvant combler efficacement le poste d'Hokage : Tsunade. Elle est médecin, et la troisième membre de l'équipe des trois ninjas légendaires de Konoha autrefois formée par elle, Jiraya et Orochimaru. Ce dernier, la recherchant également pour se faire guérir suite à son coup d'état, affrontera une nouvelle fois ses anciens camarades et Naruto.
En revenant au village, Naruto est confronté par Sasuke, qui se pense encore une fois inférieur, et qui quitte alors Konoha pour rejoindre Orochimaru pour acquérir la force nécessaire à vaincre Itachi et ainsi venger la destruction de son clan. Naruto tente de l'en empêcher, mais suite à son échec partira aussi s'entraîner avec Jiraya.
La seconde partie de Naruto commence deux ans après, suite aux entraînements de Naruto et ses amis, alors que l'Akatsuki commence à capturer les démons et leurs hôtes (tels que Naruto). L'histoire qui suit, narrée par les nouveaux épisodes de Naruto Shippūden (la version animée) se concentre sur leurs affrontements et la quête de Sasuke qui est de tuer son frère.
